มูลนิธิเด็กโรคหัวใจมีเป้าประสงค์ที่จะสนับสนุนการดำเนินงานที่เกี่ยวข้องกับการ ดูแลผู้ป่วยเด็กโรคหัวใจ โดยเฉพาะศูนย์โรคหัวใจนส่วนภูมิภาคของประเทศ และ ยังรับดูแลผู้ป่วยเด็กโรคหัวใจโดยตรง หากครอบครัวของท่าน เพื่อนบ้าน หรือ คนรู้จัก มีปัญหาในเรื่องนี้ สามารถติดต่อปรึกษาและขอความช่วยเหลือได้

วัตถุประสงค์
1.ส่งเสริมและให้ความคุ้มครองหัวใจของเด็กให้อยู่เป็นปกติ พ้นจากโรคภัยป้องกัน และรักษาโรคที่อาจจะนำอันตรายมาสู่หัวใจเด็ก
2.ส่งเสริมการเผยแพร่ อบรม เพิ่มเติมความรู้ความสามารถ แก่แพทย์พยาบาล และผู้ปฎิบัติเกี่ยวกับโรคหัวใจ เพื่อให้เป็นไปตามวัตถุประสงค์ข้อ 1
3.ส่งเสริมการปฏิบัติการวิจัยเกี่ยวกับหัวใจ โรคหัวใจ และการป้องกันโรคหัวใจในเด็ก ให้ทุนอุดหนุนการวิจัย ในด้านโรคหัวใจและหลอดเลือด
4.ช่วยเหลือเด็กไทยที่ฐานะยากจน และป่วยเป็นโรคหัวใจ และหลอดเลือด หรือโรคที่ทำให้หัวใจพิการ รวมทั้ง เด็กที่อยู่ตามชนบท ที่ห่างไกลความเจริญ ให้ได้รับการรักษาตามความเหมาะสม

จาก สถิติทางการแพทย์ที่ผ่านมาพบว่า อัตราการเกิดโรคหัวใจพิการในเด็ก ไม่ว่าจะเป็นมาแต่กำเนิดหรือเกิดขึ้นภายหลัง มีแนวโน้มจะสูงขึ้นเรื่อยๆ ทั้งนี้ก็เพราะสาเหตุส่วนใหญ่ของโรคเรายังไม่ทราบ จึงทำให้เป็นการยากในการป้องกัน โรคหัวใจพิการในเด็กจำนวนไม่น้อยมีความรุนแรง แต่รักษาให้ดีขึ้นและหายขาดได้ อย่างไรก็ตาม หากไม่ได้รับการรักษาที่ถูกต้อง ก็อาจเสียชีวิตหรือพิการไปตลอดชีวิต นอกจากนั้น ค่าใช้จ่ายในการรักษาพยาบาล ก็นับวันจะสูงขึ้นเรื่อยๆ สังคมไทยเราในปัจจุบันนี้ ท่ามกลางความเจริญเติบโตของระบบเศรษฐกิจแบบอุตสาหกรรม กอปรกับการเปลี่ยนแปลงของสภาพความเป็นอยู่ ยังมีเด็กด้อยโอกาสอีกเป็นจำนวนมากที่ได้รับความทุกข์ยากเพียงเพราะเขาเกิด มาในครอบครัวที่ยากจนหรืออยู่ในชนบทห่างไกลแพทย์ ยิ่งถ้าเขาเหล่านั้นมีหัวใจที่พิการ โอกาสที่จะได้รับการรักษาพยาบาลและดูแลสุขภาพอย่างถูกต้องแทบจะไม่มีเลย ชีวิตน้อยๆที่บริสุทธิ์อาจหมดโอกาสที่จะเติบใหญ่อย่างสมประกอบและมีคุณค่า เป็นพลเมืองดีของชาติ ตลอดชีวิตที่เกิดมาต้องดิ้นรนต่อสู้กับโรคร้ายแบบสิ้นหวัง ด้วยความมุ่งมั่นที่จะช่วยเหลือเด็กไทยผู้เคราะห์ร้ายเหล่านี้ ให้มีสภาพชีวิตและความเป็นอยู่ที่ดีขึ้นบ้าง เพื่อให้เขาสามารถพึ่งตนเองได้โดยไม่ต้องเป็นภาระต่อสังคม เพื่อประโยชน์ต่อส่วนรวมและประเทศชาติในอนาคต มูลนิธิเด็กโรคหัวใจจึงเกิดขึ้นในปีพุทธศักราช 2524 โดยกลุ่มของผู้มีจิตศรัทธาในสาธารณประโยชน์ร่วมกับคณะแพทย์ผู้เชี่ยวชาญทาง โรคหัวใจเด็ก และด้วยพระกรุณาธิคุณของสมเด็จพระพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ที่ทรงรับมูลนิธิฯไว้ในพระอุปถัมภ์เมื่อวันที่ 15 มีนาคม 2527 มูลนิธิฯจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น มูลนิธิเด็กโรคหัวใจ ในพระอุปถัมภ์ของสมเด็จพระพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ตั้งแต่นั้นมา คณะกรรมการอำนวยการของมูลนิธิ ประกอบด้วยผู้มีจิตศรัทธาอาสาสมัครและแพทย์ผู้เชี่ยวชาญทางโรคหัวใจเด็ก จากโรงพยาบาลต่างๆทั่วประเทศ